生物燃料是否能达到预期的效果，有些人已提出质疑。科学家已开始怀疑生物燃料有关环境和社会效益的论据。环保主义者发现自己处于无所适从的窘境，一半的绿色团体支持生物燃料，而另一半则表示失望，猛烈抨击生物燃料。
反对者认为，生物燃料非但不能解决环境问题，反而将破坏热带雨林、抽干地下水、灭绝部分物种和使粮食价格上涨。如果相关的支持技术没有得到改善，生物燃料将不能减慢全球变暖。
支持者认为，现在仍是初期阶段，应该给这种技术提供时间和投资，以便实现生物燃料的前景。
种植玉米和把玉米转变成乙醇都需要能源，例如，玉米生长需要大量化肥和农药，这需要付出能源和环境代价。开发生物乙醇的环境效益有多大，仍值得研究。几个研究小组试图将所有这些因素都加以考虑，并将化石燃料与玉米制取的乙醇从种子生长到发动机工作的每个阶段的温室气体排放都加以比较。康奈尔大学的戴维·皮门特尔的研究结论是：玉米制取的乙醇燃烧比化石燃料产生更多的温室气体。
加利福尼亚大学的亚历山大·法雷尔的评估是，生物乙醇比等重量的汽油少排放13%的温室气体。然而法雷尔是通过假定制取生物乙醇所剩下的生物质被用作火炉的燃料或喂养动物而得到的数据，并不是所有生物乙醇炼制厂都这样做。
根据世界观察研究所莱斯特·布朗的估计，装满一辆SUV汽车油箱的生物乙醇所需要的玉米刚好是一个人一年的口粮。他把生物乙醇的兴旺描述成世界上拥有汽车的8亿人与每天靠不到2美元生活的30亿人之间的一种竞争。随着生物燃料的增长，粮食价格将进一步上涨。
要使生物燃料对全球做出有意义的贡献将需要多少土地?世界观察研究所估计，要生产全球交通运输所需燃料的10%的生物燃料，需占用全球9%的耕地。
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