个体工商户作为一种民事主体，实际上就是持有营业执照的自然人，业主承担的是无限责任，营业执照注销只是表明其自注销之日起丧失了经营资格，在营业执照注销前该个体工商户应当承担的劳动用工违法责任并不会消失，仍应由这个自然人承担。劳动仲裁需要裁决的是劳动争议问题，既然责任主体存在，被申请人就是明确的，劳动仲裁机构应当受理。
法律依据：依据《劳动争议调解仲裁法》第二条，中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：（一）因确认劳动关系发生的争议；（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
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