法律分析：1、纳税人在两个及以上单位任职并领取工资，薪金，在预缴个人所得税时重复扣除了基本减除费用，即每月5000元的起征点，从而导致实际应纳税款额高于预缴税款额；
2、纳税人除了工资，薪金所得外，还有稿酬，劳务报酬，特许权使用费。这些综合所得的收入加总后适用税率高与预缴税费所使用的税率；
3、在进行预扣预缴时多扣除了不该扣除的金额，而在年度合并计税时，因调减扣除额导致应纳所得额增加；
4、纳税人年度中间更换了工作单位，在进行预扣预缴时适用了较低的税率，而年度综合汇算合并后，综合所得的税率要高于预缴时使用的税率；
总之，纳税人在进行年度汇算清缴时，系统提示需要补交税费主要是因为平时预缴的税款低于年度汇算清缴得出的实际缴税金额而造成的，如果补税金额在400元以内，可以免缴，但是如果补交金额高于400元，那么纳税人就必须补缴个人所得税。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第八条 个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其他情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。