一、进料加工贸易流程：
1、备手册：接到新订单后，首先要计算出这批订单所需进口资财，按照损耗计算出实际的定购量，将各类资财分类合并（接照材质相同，单价相近的原则），最后整理出来的进出口重量差额要控制在10%以内（行业不同，损耗不同）；
2.、网上预录入。第一步完成后，在海关的加工贸易网里面将此手册下的内容一一录入；
3、手册审核. 第2步完成后，可以直接打印出加工贸易业务批准证申请表，进口料件/出口成品备案清单，成品对应料件单耗情况和其它申请资料一并带齐交于海关待批准；
4、主管海关对企业提交的资料（进料加工贸易合同备案的资料）进行审核（3日内完成审批），符合规定的签发《银行保证金台账开设联系单》；
5、企业前往指定的中国银行办理保证金台账手续，中国银行签发《银行保证金台账登记通知单》，交由企业带回海关；
6、经海关核准有关单证，对符合有关规定的核发《进料加工登记手册》；
7、进口。一般一周后，我们就可以拿到海关批准的加工贸易备案手册（有一个新的手册号，进料加工类以C开头），这时这本手册就生效了，我们可以按照手册来进口了。进口
后，要及时将进口报关单追回，退回来的有两联，白色的为进口付汇专用联，红色的为进料加工专用，白色的要转给财务申报税务和进口付汇，红色妥善保存以备核销；
8、出口。 生产完后，对应的成品出口。注意：第4，5 步中只能在手册备案的数量内进口/如数出口，但不能超额；
9、台账核销。
10、手册核销。此手册项下的出口完成后，待所有的进出口报关单收齐，就可以申请手册的核销了。准备好手册，进出口报关单和手册核销情况说明，交回海关核销科待核销即可。
若损耗在10% 以内，一般都可以顺利核销，超过10% 海关会要求超出部分按照进口资财中单价最高的来补进口增值税和进口关税。核销后，此手册执行完毕。
二、进料加工贸易合同备案：经营单位应在签订进料加工合同后，货到之前，向海关申请合同备案，办理《进料加工登记手册》，凭手册办理进料加工货物进出口通关手续。所需材料有
1、对外签订的进口合同；
2、外经贸主管部门签发的《加工贸易业务批准证》一式两份；
3、加工企业生产能力证明；4、税务部门签发的审核证明；
5、为确定单耗所需的必要资料；6、属于国家有专项规定的
商品，需交验许可证件；
7、加工企业保函（工、外贸企业需提供）；
8、《登记手册》及加工合同备案申请表，保税合同备案预录入呈报表；9、《生产企业进料加工登记申报表》；
10、《合同执行情况表》；
11、新产品生产工艺流程图及成品所需单耗情况；
12、《报关注册登记证明书》及复印件；
13、注册备案证明书复印件各一份；
14、加工企业工商执照复印件。
其中1—11项为一般合同所需单，12—14为新办企业首份合同所需单证。企业备案后，在符合海关监管要求情况下，可向加工企业所在地主管海关申请办理加工贸易合同登记备案手续。如企业备案情况发生变更，企业应向原外经贸审批部门办理变更手续，并在7天内将变更内容书面报告主管海关。
三、进料加工贸易免税证明：
进料加工贸易免税证明是税务机关对外贸企业销售“进料加工”贸易方式进口料件的应纳增值税不计征入库的凭证。对外贸企业以“进料加工”贸易方式减免税进口原材料，零部件转售经其他企业加工时，应先填报进料加工贸易免税证明申请表，报经退税机关审核同意后，出具进料加工贸易免税证明，外贸企业将有关免税证明报送主管征税的税务机关，开具增
值税专用发票时可按规定的税率计算注明销售料件的税额，主管征税的税务机关据些对这部分销售料件的销售发票上所注明的'应交税额不计征入库，而由主管退税机关在外贸企业办理出口退税时凭此证明在退税额中抵扣。
外贸企业在向海关申请办理进料加工进口手续前，须先持外贸主管部门批准的《加工贸易业务批准证》及进口料件清单和海关《进料中工登记手册》到主管退税机关审核签章，退税机关须逐笔登记并将复印件留存备查。
开具《进料加工贸易免税证明》应提供的资料：
(1) 销售进口料件的增值税专用发票（抵扣联）复印件
(2) 海关代征的进口料件增值税完税凭证原件
(3) 《进料加工登记手册》
(4) 进口料件的进口报送单
(5) 进口合同
(6) 委托加工合同
(7) 加工企业的资格证明
四、加工贸易合同核销：加工贸易经营单位应于合同到期或最后一批成品出口之日起一个月内，持《登记手册》向主管海关办理核销结案手续。办理时必须向海关提交如下材料：
1、加工贸易登记手册原件（《登记手册》中的“进口料件登记栏”和“出口成品登记栏”的进出口记录，须有进出境地海关的签章确认；须填写手册中的《核销申请表》并加盖印章）；
2、进出口货物报关单原件；
3、企业填写的《加工贸易核销申请表》（由海关提供）；
4、核销时如涉及退还保证金的，需填写《保证金（函）核销申请审批表》，提交原保证金收据复印件及加盖财务专用章的收款专用发票；
5、海关代征关税和增值税完税凭证复印件；
6、调出料件或调进余料的出口报关单复印件；
7、对损耗率较高的产品，应提供详细的加工生产用料清单和加工工艺说明；
8、若企业的《进料加工登记手册》不能完整准确登记实际进出口情况的，须提供相应进、出口报关单的复印件。
9、海关认为必要的其它单证。
以上资料区进出口税收管理分局经审核无误后，出具《生产企业进料加工海关登记手册核销预审表》，企业凭《生产企业进料加工海关登记手册核销预审表》录入“免、抵、退”税申报系统进行正式核销，并办理“免、抵、退”税正式申报。
五、台帐核销
第1步：加工贸易合同执行完毕后，经营单位或企业向主管海关提出核销申请。
第2步：经主管海关审核可以核销结案的，主管海关签发《银行保证金台帐核销联系单》，交由企业前往指定银行办理台帐核销手续。