自建房房产证的办理流程分为城镇自建房和农村自建房。
1、城镇自建房房产证办理流程：需要在你自建房所在区委会开证明、介绍信、证明自建房的权属。再到你自建房所在城镇土管所办理土地使用证。到你自建房所在城镇建办补办自建房的审批件。拿着以上手续到自建房所在城镇房管所办理房产证。
2、农村自建房房产证办理流程：需要提交的材料有登记申请书、申请人的身份证明、宅基地使用权证明(者集体建设用地使用权证明)、申请登记房屋符合城乡规划的证明、房屋测绘报告或者村民住房平面图。申请村民住房权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。农村集体经济组织申请房屋权初始登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。建房户向村委会提出建房申请。村委会审核同意，签字盖章。向乡建办提出申请。乡建办工作人员实地勘察，同意建房。到乡建办领取房屋建设申请表，经乡建办签字同意，乡主管领导签字盖章、核实同意。交县规划建设局审批(县服务)。建房户领取产权证。
1.建房不能建在非宅基地上
很多人在农村建房都是把原来的老房子拆掉重建，因为在别的地方建房属于违建，比如在耕地上或是其他用地上，在这些地方就算建好了房子也有可能面临被拆的风险。
2.建房不能建在水源地附近
目前农村都用上了自来水，而且国家对用水这方面非常的严格，所以农村建房不能建在水源附近。其次如果把房子建在水源旁边不仅会对水源产生影响，而且对房子本身也不好。
3.建房不要建在公路两边控制区内
农村建房不能建在公路旁边，因为国家有规定公路旁边是不能建建筑物的，就算有特殊的原因，必须在控制区内建房，同时还应得到当地有关部门的同意。
4.建房不要超出规定面积
在建房之前要先批，有的人发现批下来的面积比较小，所以在后续建房时擅自把面积增大，这种做法属于违规的，也是明令禁止的。如果发现建房者擅自增大面积，那么轻则会被罚款，重则强制拆除。
5.建房不要超出规定的范围
在农村建房不仅不能超出所规定的面积，而且还不能超出所规定的范围。比如房屋在批时明确规定不能超过三层，而在建时做了四层，那么这就属于超出了规定的范围，这种情况同样属于违章建筑，同样有面临被拆的风险。