可以通过房产证上面权利性质一栏来分辨该房子是自建房还是商品房。房产证权利性质上面写的是出让/市场化商品房就表明该房子是商品房。房产证权利性质上面写的是出让/自建房就表明该房子是自建房。
我们都知道由于受到各种因素的影响，在早期所建造的农村自建房大多数是没有房产证的，而随着现在我们国家对农村土地的严加管理，现在农村的自建房不仅需要进行申请审批，还需要办理相关的证件，而房产证就是其中要办理的重要证件之一了。而如果农村的自建房没有房产证则就意味着是违章建筑的可能性会非常的大，也不会得到相关的法律保护，同时还会面临被强拆的风险，因此对于这个问题的回答是农村自建房是可以办理房产证的。
1、土地性质
自建房一般是用的村里的集体土地;商品房用的是国有土地出让地
2、房屋所有人
自建房所有人肯定是建房者自己;而商品房是属于开发商。,再售卖办证后才属于购房者。
3、报建审批程序
农村是集体所有制土地，你是本村的人，就有土地所有权，村集体同意，国家土地部门备案后，就可以自建房屋了;而商品房则是在开发商拍下土地后，通过政府审核相关报建资料、设计资料等文件后允许建房，达到可销售程度后方能上市销售的房子。
4、使用年限不同
商品房住宅的使用年限一般是70年;宅基地的使用权一般是永久的。
5、买卖限制不同
商品房是可以在市场自由交易的;而农村自建房只能卖给同村也就是同一个集体的村民。