1、一个原因是北方虏患不绝，建都在北京，便于就近制御。当然，西安、开封都可选择，但朱棣在北京住了二十多年，对这里有感情。而且，到了明朝，西北的少数民族如匈奴、回纥等都已式微，而东北地区的契丹、女真、鞑靼都仍存在着骚扰中原的能力，对付东北的虏患，北京显然比西安更具有地理优势。
2、另一个原因是由于靖难之役，朱棣在南京杀人太多。建文帝的支持者，多半是江南士族，朱棣对他们大开杀戒，因此结怨于江南。再继续呆在南京做皇帝，已经失去执政基础。因此他从取得皇位的那一天起，就有了迁都的打算。