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A、“检测生物组织中的脂肪”实验中,可以用50%的酒精洗去苏丹Ⅲ染液浮色,A错误;
B、斐林试剂使用时需要水浴加热,所以探索温度对淀粉酶活性影响的实验,不能用斐林试剂代替碘液来检测底物含量,否则会干扰实验,B错误;
C、绿叶中色素的分离原理是色素能溶解在层析液中,且不同色素溶解度不同,溶解度大的在滤纸条上扩散的快,C错误;
D、恩格尔曼的水绵实验中好氧细菌的作用是确定水绵光合作用释放氧气的部位,D正确.
故选:D.